第一次國共合作時(shí)期的1925年2月，廣東國民政府第一次東征陳炯明，周恩來率黃埔軍校教導(dǎo)團(tuán)和部分學(xué)生軍東征后，應(yīng)軍校黨代表廖仲愷要求，時(shí)任中共廣東區(qū)委書記的陳延年推薦中共一大代表包惠僧到軍校任常駐政治部主任。于是此后的幾個(gè)月里，黃埔軍校政治部便有了“前方主任周恩來，后方主任包惠僧”之說。

包惠僧到任后，繼承并發(fā)展了周恩來在黃埔軍校開創(chuàng)的政治工作制度。他遵照廖仲愷和陳延年的指示，制訂了一個(gè)新的教學(xué)計(jì)劃，將政治課程加多，每天兩次增加至四次，每次兩小時(shí)，同時(shí)加作業(yè)量，減少開會討論問題的時(shí)間。

雖然包惠僧聽取了廖仲愷的意見，采取“兼容并包”的態(tài)度，請國民黨元老胡漢民等來軍校講課，但其觀點(diǎn)和立場還是明顯傾向軍校中由中共黨員、進(jìn)步青年組成的青年軍人聯(lián)合會。包惠僧組織軍校的共產(chǎn)黨員和進(jìn)步學(xué)生，“采取秘密小組的方式活動”，到他的宿舍“開些小會”，積極在軍校開展共產(chǎn)黨與共青團(tuán)的工作。軍官學(xué)校在晚9點(diǎn)鐘吹熄燈號，包惠僧就于晚10點(diǎn)鐘后舉行秘密會議。為了加強(qiáng)對學(xué)生的政治教育工作，包惠僧還在青年軍人聯(lián)合會主辦的雜志《中國軍人》上發(fā)表多篇文章，號召軍校師生繼續(xù)革命。

1925年6月平定滇、桂軍閥叛亂時(shí)，黃埔軍校多數(shù)學(xué)員奉調(diào)參加平叛，校內(nèi)只留下包惠僧等總共不到100人，負(fù)責(zé)保衛(wèi)黃埔軍校，并辦理調(diào)配船只、輸送給養(yǎng)等任務(wù)。包惠僧挑選了四五十名精干學(xué)生（多為共產(chǎn)黨員）組成一個(gè)武裝宣傳隊(duì)，進(jìn)入廣州市區(qū)進(jìn)行宣傳，并防范匪盜，救濟(jì)難民，維持秩序。一天，包惠僧突然接到命令，命他在黃埔軍校設(shè)立俘虜收容所。還未來得及準(zhǔn)備，5000余人的俘虜業(yè)已送到。包惠僧立即部署，組織九十幾名學(xué)生輪轉(zhuǎn)著站崗巡邏，直至軍校出征的學(xué)生總隊(duì)歸來，俘虜們也沒發(fā)現(xiàn)看守他們的竟然只有不到百人。

1925年8月初，在得到周恩來同意后，包惠僧出任黃埔教導(dǎo)團(tuán)擴(kuò)編成的中國國民黨黨軍第一師第三團(tuán)黨代表，辭去了黃埔軍校政治部主任職務(wù)。