拜將封侯

元光元年（前134年），大行令王恢受馬邑城商人聶壹之言建議漢武帝。一番部署之后，武帝拜御史大夫韓安國為護將軍，領四將軍。發(fā)伏兵二十余萬于馬邑城旁山谷中誘擊匈奴單于。公孫賀時封為輕車將軍號，駐兵在其中。此次軍事行動因泄露而失敗，眾將皆無功。元光五年（前130年，一說元光六年），匈奴南下。武帝派軍分四路出擊匈奴于關市下。公孫賀再封輕車將軍，領命出云中。無所斬獲，亦無功。

元朔五年（前124年）春，公孫賀以騎將軍號跟從車騎將軍衛(wèi)青出擊匈奴。并與彊弩將軍李沮、輕車將軍李蔡一同從朔方出發(fā)。在與匈奴的交戰(zhàn)中，公孫賀捕獲匈奴王，有功。班師回朝后，于四月丁未日，漢武帝封公孫賀一千三百戶南奅侯。

元朔六年（前123年）、元狩四年（前119年），公孫賀三次以左將軍號隨大將軍衛(wèi)青從定襄出擊匈奴，皆無功。

酎金失侯

元鼎五年（前112年）九月，列侯因獻給朝廷祭祀宗廟的黃金成色不足分量不夠，由此犯下不敬之罪而被奪去侯爵者共計六百人，南奅侯公孫賀在其中。

元鼎六年（前111年），武帝欲給因軍功封侯又因酎金失侯的公孫賀和趙破奴復侯機會，便封公孫賀浮沮將軍號，遣其領兵一萬五千騎從五原郡（一云“九原”）出擊匈奴。然后由于匈奴在武帝年間一系列連續(xù)反擊中元氣大傷，元狩四年（前119年）的漠北之戰(zhàn)后更是遠遁漠北。故而公孫賀遠走二千余里至浮苴井卻并未遇見匈奴一人，最終無功而返。

位列三公

太初二年（前103年）正月戊寅（一說“戊申”），丞相石慶薨。武帝欲拜公孫賀為三公之首，因自漢高祖以來，丞相皆用列侯任之。故武帝于閏三月丁卯封公孫賀為葛繹侯，并詔其續(xù)任丞相之職。然后當時朝廷正值多事之秋，對大臣的要求及監(jiān)督非常嚴格。自丞相公孫弘老死任上之后，李蔡、莊青翟、趙周皆因罪自殺，前任石慶雖秉承其家嚴謹作風，亦數(shù)次受到武帝譴責。公孫賀害怕自己不能擔此重任，一但有所紕漏恐將禍延于身，不肯受丞相的金印紫綬，見武帝生氣后才不得已拜受。公孫賀升任后，太仆之位空缺。于是，武帝又將自己的外甥、時為侍中的公孫賀與衛(wèi)君孺之子公孫敬聲擢升為太仆。

冤死獄中

征和元年（前92年），公孫敬聲憑借著母親衛(wèi)君孺是皇后的姐姐，行事驕奢不守法紀，居九卿太仆之高位，擅用北軍軍餉一千九百萬錢。事情敗露之后被捕下獄。這時，漢武帝下詔欲抓捕的陽陵人朱安世卻遲遲未能歸案，公孫賀便請命此差以贖公孫敬聲的罪過。武帝答應此請。后來朱安世果然被捕成功，卻在獄中上書誣告公孫敬聲與陽石公主私通以及行巫蠱詛咒天子之事。征和二年（前92年）春正月，公孫賀被抓捕，并冠以興利弟子賓客不顧黎民死活等多條罪名，父子雙雙死于獄中。

后元元年（前88年），丞相田千秋為寬慰武帝于巫蠱之禍中留下的傷痛而勸誡武帝尋找自娛自樂的方法。武帝在與田千秋的對話中曾提到：巫蠱案初，廷尉的審理中并未查問審訊出罪證。